本发明提供了一种基于生物信息学的方法构建蔷薇科原始染色体的方法及其应用。本发明方法是通过对比苹果、草莓和梅花三个蔷薇科已知基因数据，鉴定同源基因，确定参考物种染色体间关系，确定已测序物种与参考物种染色体间关系，从而构建蔷薇科原始染色体和确定测序物种从祖先染色体的进化历史。
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